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网络电话发出的短信是否可以查出来，取决于多个因素。
运营商会记录用户的通信数据，包括短信和网络电话记录，这些记录可能会被用于一些特定的调查或法律程序，例如涉及犯罪活动的调查，在这种情况下，运营商可能会根据法律要求提供这些数据给相关机构，如果有人通过运营商的网络发出短信或网络电话，并且涉及到违法行为，那么这些通信记录有可能被查出来。
对于加密通讯应用的使用，情况会有所不同，一些网络电话应用具备加密功能，以保护用户的通信内容不被第三方获取，如果使用的是加密应用，并且遵循了应用的隐私保护措施，那么一般的调查或法律程序可能无法直接获取这些通信记录，这也取决于应用的隐私政策和相关法律规定，在某些情况下，即使使用加密应用，通信记录也可能被法律机构要求提供。
网络电话发出的短信是否可以查出来取决于多个因素，包括使用的网络或服务、当地的法律规定以及是否存在法律程序要求获取这些记录，无法一概而论地回答这个问题，如果您有关于个人隐私和安全的具体问题或担忧，建议咨询专业的法律或技术专家以获取适当的建议。